خدمات مياه الشرب:

تدير بلدية خان يونس وتشرف على (27) بئراً لمياه الشرب، إضافة إلى محطتي تحليه رئيسيتين، وست محطات تحلية فرعية صغيرة،  وخمسة خزانات مياه، ثلاثة منها أرضية واثنين علوية، وبوسترين لضخ المياه لشبكة المواطنين، وشبكات مياه بطول حوالي (150) كم، كما تدير البلدية وتشرف على مختبر فحص جودة المياه مزود بأحدث المعدات والأجهزة اللازمة لإجراء الفحوصات البيولوجية والكيميائية لمياه الشرب، وتقوم البلدية بعمليات التعقيم المستمر لمياه الشرب وإجراء الفحوصات المخبرية بصورة مستمرة.

مشروع تحلية مياه البحر:

يعد مشروع محطة التحلية لمياه البحر والذي سيتم انشاؤه على شاطئ دير البلح إنجازاً مهماً، وسيشكل مصدراً هاماً للمياه الصالحة للاستخدام لكافة سكان المنطقة الجنوبية من محافظات غزة ، الذين يعانون من ارتفاع ملوحة المياه، كما سيسهم في الحفاظ على مياه الخزان الجوفي والتخفيف من حدة أزمة المياه، التي تتزايد مع تزايد عدد السكان وزيادة الطلب عليها، وشمل المشروع إنشاء محطة التحلية والخطوط الناقلة من المحطة إلى الخزان، إضافة إلى شبكة التوزيع.